La Facultad de Teología Pontificia y Civil de Lima tiene su origen en la decisión histórica del Maestro General de la Orden de Predicadores, Fray Agustín Recuperato de Favencia, de crear la Provincia de San Juan Bautista, el 4 de enero de 1540. Esta Provincia tendría como sede el Convento de Santa María del Rosario de Lima. El fraile instruye también sobre la creación de un studium para formar lectores de Artes (Filosofía) y Teología.

Los superiores de la nueva Provincia se reunieron en el Cuzco el 1 de julio de 1548 y decidieron crear el studium en la ciudad de Lima. Casi tres años después, con los estudios de Teología en desarrollo, por Cédula Real del 12 de mayo de 1551, el Rey de España creó la Universidad de Lima con todos los privilegios de la Universidad de Salamanca. Los estudios de Teología fueron incorporados a esta Universidad sirviéndole de base para su existencia. Así se constituyó la Facultad de Teología, la primera de esta nueva Universidad. San Pío V la aprobó también con el breve Exponi nobis del 26 de julio de 1571. En 1574, esta institución tomó el nombre de Universidad de San Marcos.

El origen histórico de la educación en estudios teológicos otorga a nuestra universidad el privilegio de ser la iniciadora de los estudios universitarios en el Perú, tanto de pregrado como de posgrado. Con las reformas emprendidas por el gobierno de la República, a mediados del siglo XIX,  la Facultad pasó a funcionar en un ambiente cedido por el Seminario de Santo Toribio de Mogrovejo, bajo la jurisdicción del Arzobispado y con plena autonomía académica y administrativa.

En 1935, la Facultad de Teología se independizó de la Universidad de San Marcos con plena aquiescencia de la autoridad civil. El Estado Peruano ha reconocido a la Facultad de Teología como perteneciente al sistema universitario nacional. De tal manera que no solo otorgó valor de carácter civil a los grados eclesiásticos en Teología, sino también ha reconocido el carácter universitario de las otras carreras profesionales que se fueron creando a lo largo de las sucesivas décadas (Filosofía, Educación, Psicología).

La Ley N° 30220 dispuso que todas las universidades del Perú adecuaran sus estatutos a los requerimientos legales exigidos por esta nueva normativa. En este proceso de adecuación, se vio conveniente ponerle un nombre propio a la institución universitaria: “Universidad Católica San José”.  La Facultad de Teología sigue conservando su nombre histórico de Facultad de Teología Pontificia y Civil de Lima y mantiene su naturaleza jurídico-canónica de facultad eclesiástica, que depende, en cuanto a su dirección y gobierno, de la Santa Sede, por medio de la Congregación para la Educación Católica.

La Facultad de Teología Pontificia y Civil de Lima, con sus más de 400 años de experiencia, es el soporte y garantía de la excelencia académica de la Universidad Católica San José.